Giống như các phần trước của Final Fantasy, Final Fantasy VI bao gồm bốn chế độ chơi cơ bản: bản đồ thế giới, bản đồ thị trấn và hầm ngục, màn hình chiến đấu và màn hình menu. Bản đồ thế giới là phiên bản thu nhỏ của thế giới hư cấu của trò chơi, người chơi sử dụng để hướng các nhân vật đến nhiều địa điểm khác nhau. Như với hầu hết các trò chơi trong sê-ri, ba phương tiện di chuyển chính trên thế giới là đi bộ, chocobo và khí cầu. Với một vài ngoại lệ theo cốt truyện, kẻ thù thường được bắt gặp ngẫu nhiên trên bản đồ thực địa và trên thế giới khi đi bằng chân. Màn hình menu là nơi người chơi đưa ra quyết định như nhân vật nào sẽ tham gia vào nhóm du hành, trang bị nào họ sử dụng, phép thuật họ học và cấu hình của trò chơi. Nó cũng được sử dụng để theo dõi điểm và cấp độ kinh nghiệm.[2]

Cốt truyện của trò chơi phát triển khi người chơi tiến qua các thị trấn và hầm ngục. Người dân thị trấn sẽ cung cấp thông tin hữu ích và một số cư dân sở hữu cửa hàng vật phẩm hoặc thiết bị. Sau đó trong trò chơi, ghé thăm một số thị trấn nhất định sẽ kích hoạt các nhiệm vụ phụ. Hầm ngục xuất hiện dưới dạng nhiều khu vực, bao gồm hang động, rừng và các tòa nhà. Những hầm ngục này thường có các hòm kho báu chứa các vật phẩm quý hiếm không có sẵn trong hầu hết các cửa hàng. Hầm ngục có thể có các câu đố và mê cung, với một số hầm ngục còn yêu cầu người chơi chia các nhân vật thành nhiều nhóm phải hợp tác với nhau để vượt qua.[2]

Chiến đấu

Chiến đấu trong Final Fantasy VI dựa trên menu, trong đó người chơi chọn một hành động từ danh sách các tùy chọn như Chiến đấu, Phép thuật và Vật phẩm. Tối đa bốn nhân vật có thể được sử dụng trong các trận chiến, dựa trên hệ thống Active Time Battle (ATB) lần đầu tiên xuất hiện trong Final Fantasy IV. Theo hệ thống này, mỗi nhân vật có một thanh hành động tự bổ sung với tốc độ phụ thuộc vào chỉ số tốc độ của họ. Khi thanh hành động của nhân vật được lấp đầy, người chơi có thể chỉ định một hành động. Ngoài các kỹ thuật chiến đấu tiêu chuẩn, mỗi nhân vật còn sở hữu một khả năng đặc biệt riêng. Ví dụ, Locke sở hữu khả năng đánh cắp vật phẩm từ kẻ thù, trong khi khả năng Runic của Celes cho phép cô hấp thụ hầu hết các đòn tấn công phép thuật cho đến lượt tiếp theo.[3]

Một yếu tố khác trong trận chiến là đánh khô máu, một hình thức tấn công thay thế mạnh mẽ đôi khi xuất hiện khi lượng máu của nhân vật thấp. Các tính năng tương tự xuất hiện trong các tựa game Final Fantasy sau này dưới nhiều tên khác nhau, bao gồm Limit Break, Trances và Overdrive.[4] Các nhân vật được thưởng cho các trận chiến thắng với điểm kinh nghiệm và tiền bạc, được gọi là gil (Gold Piece (GP) trong bản Bắc Mỹ gốc). Khi nhân vật đạt được một số điểm kinh nghiệm nhất định, họ sẽ đạt được cấp độ, điều này làm tăng chỉ số của họ. Một người chơi bổ sung có thể chơi trong các tình huống chiến đấu, với sự kiểm soát của từng nhân vật được chỉ định từ menu cấu hình.[3]

Tùy biến

Các nhân vật trong Final Fantasy VI có thể được trang bị nhiều loại vũ khí, áo giáp và đặc biệt là mục này, các phụ kiện mạnh mẽ được gọi là "Thánh tích". Vũ khí và áo giáp tăng khả năng chiến đấu chủ yếu bằng cách tăng chỉ số và thêm hiệu ứng có lợi cho các cuộc tấn công. Thánh tích có nhiều cách sử dụng và hiệu ứng khác nhau, gần như hoàn toàn có thể hoán đổi cho nhau giữa các thành viên trong nhóm và được mở rộng một cách tinh vi để thay đổi các lệnh chiến đấu cơ bản và vượt quá giới hạn bình thường của hệ thống trò chơi.

Mặc dù trong Final Fantasy VI, chỉ có hai nhân vật có thể chơi bắt đầu trò chơi với khả năng sử dụng phép thuật, nhưng ma thuật sau đó có thể được dạy cho hầu hết các nhân vật có thể chơi khác thông qua Magicite và các Esper. "Các Esper" là hóa thân của những vị thần, những sinh vật quái dị mạnh mẽ được triệu hồi, nhiều trong số đó đang tái diễn trong toàn bộ series, như Ifrit, Shiva, Bahamut và Odin. Bên cạnh những nhân vật xuất hiện ở phần trước, Final Fantasy VI còn có tổng cộng khoảng hai chục nhân vật mới, được bổ sung thêm trong những phiên bản sau.

Bối cảnh và cốt truyện của trò chơi xoay quanh các Esper và phần còn lại của chúng khi đã chết, được gọi là "Magicite". Mỗi mảnh phép thuật có một bộ phép thuật cụ thể mà một nhân vật có thể học được khi họ được trang bị nó trong menu. Ngoài ra, một số mảnh phép thuật cấp thêm chỉ số cho nhân vật khi họ đạt được cấp độ. Cuối cùng, khi một nhân vật trang bị một mảnh phép thuật, họ có thể triệu hồi Esper tương ứng trong trận chiến.[5]